Nee, in dem konkreten Fall (Höhendatenberechnung aus digitalen Höhenmodellen, nicht aus barometrischen Daten) geht es noch nicht mal um die Addition dieser Mikrounterschiede, sondern um den Unterschieden zwischen der Realität und den verschiedenen digitalen Höhenmodellen mit denen man die Berechnung vornimmt. Bei Wikipedia gibt es den Vergleich zwischen zwei Höhenmodellen des gleichen Tales ( Aster, SRTM, nachbearbeitet), da sieht man, dass die Unterschiede dramatisch sein können.
Hinzu kommt, dass deine Route dann ein Polygonzug durch diese Berg- und Tallandschaft ist und umso gebirgiger die Gegend ist, umso krasser wirken sich kleine Abweichungen nach links oder rechts von der Strecke auf die Zuordnung der entsprechenden Höhendaten aus.

Eine bessere Einschätzung bekommst du, wenn du dir das Höhenprofil der Strecke anzeigen lässt und von Hand mal die Differenzen zwischen den entscheidenden Tälern/Gipfeln zusammenrechnest. Kleine Gegenanstiege zwischendrin kannst du in der Regel in den Skat drücken, weil das häufig eher Fehler aus dem digitalen Höhenmodell sind. Oder du nimmst halt einen kleinen Bonus als "Mehrweitsteuer" mit obendrauf.