Hallo Julia!
Der estnische Teil, bzw. die Routen in Estland allgemein, sind sehr gut ausgeschildert. Gegliedert in internationale/nationale Routen (R1, BalticCycleRoute), regionale und lokale Routen.

Von Riga bis Sigulda würde ich die Bahn nehmen, günstig und problemlos. Ansonten Landstraße mit recht viel Verkehr...

Um Pärnu herum hat es auf der Landstraße entlang der Küste auch recht hohes Verkehrsaufkommen, speziell ab Freitagmittag, wenn alles raus aufs Land will...
Du kannst aber auch von Pärnu aus mit der Fähre auf die Insel Kihnu (sehr zu empfehlen, war 2015 dort) und dann nach Munalaiu übersetzen, erspart dir das elende Stück Landstraße.
Ab da bis Virtsu gehts ruhig zu, vor allem kurz vor Virtsu ists sehr nett.

Du kannst dann weiter an der Küste entlang fahren, oder die beiden Inseln "mitnehmen". Letzteres kann ich dir empfehlen!

Die Strecke ab Haapsalu kannst du entweder an der Küste entlang fahren, oder die alte Bahntrasse (fein geschottert, ca. 50km geradeaus, sehr wenige Radler unterwegs) bis nach Riisipere fahren und dort in den Zug steigen und bis Tallinn fahren, oder dann über Padise zur Küste zurück, dann via Madise (sehenswerte Kirche u. Friedhof), Paldiski nach Tallinn rein fahren. Die letzten Kilometer nach Tallinn rein sind sehr gut ausgebaut (breiter Radweg, abseits durch Parks direkt entlang der Küste).

Karten kannst bei Frankas (Frank Wurft) von BalticCycle in Vilnius bestellen Klick bzw. hier, oder bei mapfox.de --> z.B. für Estland die Karten aus dieser Serie.
Vor Ort in Estland sind diese Karten nur schwer zu finden, in Tallinn vermutlich schon, aber kaum vorher oder in Riga.

Wenn Frage, kannst gerne auch ne PN schreiben.