Das Problem hatte ich auch schon mal. Habe den Track, dann bei GPSies hoch- und wieder heruntergeladen. Dann passte es. Zur Ursachenforschung bin ich leider nicht mehr gekommen.
Was ab und zu zur schnellen Erkenntnis hilft, gpx-Track in einem Texteditor vor und nach Behandlung öffnen und sich die Daten ansehen. Selber dagegen etwas zu tun ist eher schwierig, weil das Problem meist darin liegt, wie das XML der GPX-Datei geschrieben und dann im nächsten Programm eingelesen wird. Da kommt es bei XML immer wieder zu Unverträglichkeiten.