Das geht mit dem Schweizer Messser der Trackbearbeitung: GpsBabel. Zunächst reduziert man den Track auf Punkte mit 50km Abstand:
gpsbabel -i gpx -f track.gpx -x position,distance=50000m -o gpx -F track 50.gpx
Dann wandelt man den so erzeugten Track in eine Sammlung von Wegpunkten um:
gpsbabel -i gpx -f track50.gpx -x transform,wpt=trk -o gpx -F wpt.gpx
Edit: Diese Lösung setzt einen Wegpunkt alle 50km Luftlinie. Das ist wohl nicht das was du suchst.
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