Hallo Radlhans,

zur Strecke entlang der Rhone habe ich in diesem Thread vor einiger Zeit etwas geschrieben, das für Dich hilfreich sein könnte. Zwischen dem Südelsaß und der Saone kann ich Dir den Radweg entlang des Rhone-Rhein-Kanals über Montbeliard, Besancon und Dôle sehr empfehlen (die Strecke ist Teil des europäischen Fernradwegs Eurovelo 6). Sehr gut zu fahren, kaum Steigungen, landschaftlich und von den durchfahrenen Orten sehr schön.

Was den Bahntrassenradweg zwischen Chalon und Macon angeht, kann ich ihn, wie mein Vorrredner, ebenfalls sehr empfehlen.