Ab Jochenstein in Richtung Passau fand ich die österreichische Seite als angenehmer. Von Oberzell bis Passaufährt man ja nur noch dicht an der Landstraße entlang.
Allerdings ist die von Österreich kommend die Fahrt durch Passau nicht so schön (geschotterter schnaler Radweg)

Von Schlögen bis Weseunufer bin ich einmal auf der österreichischen Seite gefahren (vor etlichen Jahren), un da war es verkehrsreich und die Strecke ging immer mal raus aus dem Tal- hatte also zusätzliche Höhenmeter. Ich würde auf alle Fälle bei Au mit der Radfähre aufs das nördliche Ufer wechseln.

VG aus Budapest
Martin