Hallo Thomas,
Auf Eurer Strecke kann ich dieses Ryokan im Hafen von Tonosho auf Shodoshima empfehlen :
http://www.asahiya.org/ Ich war dort 2013. Es hat natürlich auch ein Onsen. Ein paar Brocken Japanisch zu sprechen ist dort (wie auch anderswo) sehr hilfreich.
Falls Ihr Euch für zeitgenössische Kunst und Architektur interessiert, würde ich unbedingt noch einen Abstecher auf Naoshima (mit der Fähre von Takamatsu aus) empfehlen und dort die Museen besuchen. Vielleicht auch auf Teshima das dortigen Art Museum http://benesse-artsite.jp/art/teshima-artmuseum.html

In jedem Fall habt Ihr eine tolle Reise vor Euch!

Gruß, Barbara