Das ist so eine Frage, auf die kann man alles und nichts antworten. Es gibt unzählige Möglichkeiten. Ich bin schon von Berlin nach Prag gefahren auf verschiedenen Wegen.
Willst du eher Flussradwege? Asphaltiert oder geschottert? Eher quer durchs Land? Gebirge ja/nein/vielleicht?
Kannst den R1 von Wannsee bis Wittenberg fahren, dann an der Elbe aufwärts über Torgau, Riesa, Dresden, Ústí nad Labem bis Mělník und dann an der Moldau bis Prag.
Oder den Spreeradweg bis Fürstenwalde, rüber nach Eisenhüttenstadt an die Oder, entlang von Oder und Neiße bis Zittau und dann entweder übers Zittauer Gebire oder an der Neiße weiter bis Liberec und über das Jeschkengebirge. Dann südlich durch die Daubauer Schweiz (Dubské Švýcarsko) nach Mělník und dann weiter an der Moldau.
Oder von Liberec durchs Iser- und Riesengebirge gebirge nach Vrchlabí, dann die Elbe abwärts(!) durch Hradec Kralove und Pardubice und kurz vor Prag links abbiegen.
Du kannst auch quer durch die Lausitz über Cottbus und Bautzen die Spree entlang bis Sohland, dann weiter nach Süden durch den Schluckenauer Zipfel über Česká Lipa nach Mělník. Auch eine schöne Strecke.
Oder westlich an Dresden vorbei durch Zinnwald und Altenberg übers Erzgebirge nach Teplice, dann durchs Böhmische Mittelgebirge (České Středhoří) nach Lovosice an der Elbe (und dann weiter wie oben).
Oder von Berlin aus 39550 km streng nach Nordwesten...
Bis auf letztere kenne ich die Strecken. Die langweiligste und schnellste Variante ist sicherlich, die Elbe langzufahren...
Gib doch mal ein mehr zentrale Eckdaten, was dir so vorschwebt. Schnell? Schön? Sportlich? Gemütlich? Bergig? Dann kann man auch besser was raten.
Gruß
Thoralf