Alternativen zu Genf wurden oben schon erwähnt. Falsch ist deine Annahme, dass der EV6 in an der Loire den schönsten Teil hat. Schön ist es dort nur, wenn du auf viele Schlösser stehst, ggf. mit Besichtigungen. Ich kenne einige, die vom Loire-Teil eher enttäuscht waren. Insbesondere wird ja auch nicht die obere Loire dabei beradelt (Zentralmassiv). Landschaftlich ist der schönste Teil des EV6 am Doubs, insbesondere von der Burgundischen Pforte bis Besancon. Ich kenne zahllose Routen durch den Jura als Alternative, das wird aber alles schwieriger.

In Abwandlung kannst du den EV6 auch früher verlassen, z.B. in Dôle etc., und durch die Teichlandschaft Bresse fahren. Die ist flach bis nur sehr leicht hügelig, allerdings auch nicht spektakulär, manchmal aber mit reizvollen Stimmungen. Du fährst dann diagonal z.B. direkt nach Lyon oder nördlicher anch Macôn oder Tournus etc. Im Idealfall kommst du an drei Velumuseen vorbei (Peugeot bei Montbéliard, Tournus und nochmal im Süden Nähe Nimes).

Deine erste Vermutung: Ab Genf kannst der Via Rhone folgen. Die ist mittlerweiel nahezu durchgehend konzipiert und ausgeschildert und wird massenhaft genutzt. Weite Teile der Via Rhone entsprechen aber nicht einer schönen Naturroute, weil schnurgerade, oft abseits von Dörfern, kanalisierte und industrialierte Rhone etc. Interessant sind dann wie o.a. eher die Städte. Im ersten Teil jenseits von Genf folgt die Via Rhone auch nicht der Rhone, weil diese wegen einer Schlucht umfahren werden muss - man muss da auch etwas Höhenmeter investieren. Es gibt da aber schönere Alternativen als die Via Rhone dort, hat dann mehr Höhenmeter, ggf. Tipp, wenn du das machenwillst. Ab ungefähr Seyssel bleibts dann tatsächlich flach.

Marseille: Von Fos-s-Mer bzw. Rhonedelta nach Marseille ist in der Tat eine schlechte Idee. Die beste Einfahrt nach Marseille hast du von Osten du oberhalb der Calanques über den Col de la Gineste von Cassis aus, runter zum Stadtteil Pointe-Rouge und zum alten Hafen dann von Süden aus am Meer entlang. Das macht aber nur Sinn, wenn du zuvor etwas Höhenmeter investierst von Aix aus, im Idealfall durch das Massif de Saite-Baume. Du kommst dann über Gemenos und/oder Aubagne Richtung Cassis.