Ich habe mir nochmal die ganze Route angeschaut: Fällt auf, dass sie sehr heterogen, zwischen Steigungsvermeidung, einfachen Pässen und mit langen Flachpassagen einerseits und heftigen Offroad-Passagen andererseits. Ist das gewollt?

Du wärest evtl. besser beraten, wenn du nach Isar aufwärts nicht über Garmisch/Ehrwald fahren würdest, sondern via Mittenwald, Leutasch, Buchener Sattel, Telfs und dann Inntalradweg. Da hast du insgesamt weniger Kontakt zum Verkehr bzw. ist weniger Verkehr. Allerdings dann ohne Zugspitzmassiv und Fernseen.

Die Strecke von Santa Maria Val Müstair via Val Vau, Val Mora, Valle di Fraéle, Valdidentro bin ich lezten Sommer umgekehrt gefahren. Die Strecke ist in Teilen nicht reiseradtauglich, wenn auch Leute mit wenig Gepäck da offenbar noch durchkommen mit wenigen Schiebepassagen. Ich musste (Vollgepäck) teils abwärts schieben, weil zu eng und gefährlich. Das betrifft einen Abschnitt nördlich vom Passo Val Mora im gleichnamigen Tal. Zusätzliche Gefahren lauern durch viele MTBer, weil beliebt, neuerdings mehrheitlich mit E-Motor. Schön ist es da aber. Die Orografie ist dort etwas verwirrend, weil du aufwärts fährst, obwohl der Fluss abwärts fließt. Der Anstieg zuvor in Teilen des Val Vau zu Döss Radond sollte man auch nicht unterschätzen, der Schotter ist manchmal etwas weich und zuweilen dafür recht steil. Mir kamen deutsche MTBer entgegen, die hatten fast kein Gepäck, waren aber schon vollkommen platt, obwohl noch weniger als ein Drittel gefahren ab Val Müstair unten. Auf der Strecke gibt es keine Verpflegung/Unterkunft, erst oben im Valle di Fraéle mit den beiden Stauseen. Das zieht sich lange, auch wenn es größere Hochtalpassagen mit nicht soviel Steigung bzw. leicht abwärts gibt. Das Valle di Fraéle ist fast flach und beste Pistenstraße. Du kannst beide Uferseiten fahren, ggf. auch wechseln zwischen den Seen.